Ограничительное налоговое законодательство ставит практически каждую НКО в России в положение потенциального нарушителя. Многие ведущие российские гражданские организации в последнее время стали объектом продолжительных и необъективных налоговых проверок, приведших к наложению высоких штрафов, угрожающих банкротством организаций. Как правило, толчком к этим проверкам становятся критические высказывания НКО в адрес действий властей, а сами проверки направлены на парализацию работы организаций и угрозу закрытия. Абсурдные утверждения о налоговых нарушениях включают в себя обвинения в неуплате налога на прибыль с целевых поступлений в виде грантов, подоходного налога и единого социального налога с компенсаций расходов добровольцев, оплаты транспортных расходов участников конференций и призов победителям конкурсов школьных  сочинений.

 

2006 год стал годом интенсификации атак на основе обвинений в налоговых и отчетных нарушениях в адрес международно признанных НКО. Среди наиболее недавних объектов преследований со стороны налоговых органов были Международное Общество «Мемориал», Общество Российско-чеченской дружбы, «Открытая Россия», Союз комитетов солдатских матерей, Российский ПЕН-Центр, Форум переселенческих организаций, Центр содействия международной защите и др. Последний является ведущей российской НКО, подающей жалобы в Европейский Суд по правам человека; требования налоговой инспекции в его адрес составили более 135 тысяч евро якобы неуплаченных налогов с полученных грантов.